La FMT n’ayant pas encore un statut particulier de protection, elle est l’objet de menaces de toutes sortes. En dehors des braconniers qui s’attaquent à sa faune exceptionnelle, les menaces  les plus préoccupantes, en ce moment, sont les défrichements entamés depuis février 2008 pour la création de vastes plantations de palmiers à huile. La plus vaste plantation, en cours de création est le fait de la PALMCI, une compagnie agro-industrielle dont le Groupe UNILEVER est l’actionnaire principal. Si rien n’est fait pour arrêter d’urgence ces défrichements, la FMT sera complètement rasée en peu de temps.